位于文笔峰龙首龟背之顶，供奉三清尊者，即玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊。三清是“天界”最高神灵，执掌宇宙，主宰万物，造化阴阳，生成天地，是世界的本源道的化身，是宇宙万物的创造者。三清坛居文笔峰最高，俯视四方，唯我独尊。吸纳日月精华，汇聚神气、王气、灵气于一坛。正所谓：步步登琼台，阶阶入玉清。坛上设三座铜质香炉，供道教信徒向三清道祖表达敬意。海南黎民信仰的盘古真人，在道教文化中即是代表道教最高信仰的元始天尊。所以文笔峰三清坛自古以来即成为海南人民祈求真神降临的神圣之所在。

以文笔峰为中心，东西南北各有四山，正合五行之数，东边的乌盖岭为木形之山，西边的金鸡岭为金形之山，南边的龙门岭为火形之山，北边的旧州岭为水形之山，而居中的文笔峰则为土形之山，有土可以聚四方金木水火之气，正所谓“水火相济，金木相并”。文笔峰四周的这四座山均为红色的火成岩构造，唯有文笔峰却呈现出上粗下细、沉积层纹理十分清晰的黑色水成岩特征，从地质学上来说，文笔峰是亿万年前海底抬升石砾硬化而成。文笔峰及四周群山“火中之水”、“上水下火”的地质特征格局，恰恰构成了中国道家文化中所描述的“上坎下离”、“水火既济”的文化意象内涵。